Сюжет

Доктор Дэниел Джексон находит адрес затерянного города древних — Атлантиды — и доктор Элизабет Вейр собирает международную экспедицию для его исследования. Проблемой становится только то, что он находится в другой галактике — галактике Пегас. Но для путешествия даже между галактиками через Звездные врата требуется очень много энергии — столько сколько может выдать только МНТ. На Земле есть только один такой источник энергии. Таким образом, изначально предполагается, что если в Атлантиде не будет найден другой МНТ, то это будет путешествие в один конец.

Сезон 1 Актёрский состав 1 сезона. Слева направо: лейтенант Айден Форд, Тейла Эммаган, майор Джон Шеппард, доктор Элизабет Вейр и доктор Родни МакКей. Премьера первого сезона состоялась в США 16 июля 2004 года. Экспедиция под командованием доктора Элизабет Вейр отправляется в город древних — Атлантиду. Экспедиция с Земли достаточно быстро попадает в галактике Пегас в серьёзную переделку и вынуждена искать союзников в этой новой галактике, однако вместе с ними они находят и новых врагов — Рейфов. Отрезанной от Земли экспедиции нужно попытаться своими силами разобраться с технологиями древних и найти способ победить Рейфов. Майор Джон Шеппард создаёт команду «первого контакта», в которую входит он сам, Родни Маккей, лейтенант Эйден Форд, и лидер Атозианцев — Тейла Эммаган. Во время одной из своих первых миссий они «зарабатывают» себе ещё одного врага в лице Дженаев — милитаристской человеческой цивилизации с технологиями на уровне 1960-х годов Земли. Сезон заканчивается во время осады Атлантиды эскадрой Рейфов.
Сезон 2 Актёрский состав 2 сезона. Слева направо: Тейла Эммаган, доктор МакКей, доктор Вейр, полковник Колдвелл, доктор Беккет, Ронон Декс, подполковник Шеппард. Премьера второго сезона состоялась в США 15 июля 2005 года. Атлантиде с помощью вовремя прибывшего земного корабля удалось сначала избежать захвата первой эскадрой рейфов (рейфы лишились всех трех кораблей-ульев, два из которых были уничтожены около Лантии) а потом и заставить Рейфов поверить в самоуничтожение города (вторя осадная флотилия состояла из двенадцати кораблей-ульев, два из которых были уничтожены «Дедалом» до её прибытия к Лантии). Также членам экспедиции удаётся наладить периодическую связь с Землёй благодаря новому межгалактическому крейсеру Земли — Дедалу, — и новому МНТ. Шепарда повышают в звании до подполковника, а бывший беглец Ронон Декс занимает в команде Шепарда место сбежавшего лейтенанта Форда. Основная сюжетная линия этого сезона строится на работе доктора Беккета по созданию ретровируса, способного превращать рейфов в людей. Первые опыты с «сырым» вирусом приводят к плачевным результатам с девочкой-рейфом и едва не заканчиваются гибелью Шепарда. Испытания улучшенной версии приводят к неоднозначным результатам с рейфом Майклом. Сезон заканчивается «неоднозначным финалом», когда флотилия из двух модернизированных кораблей-ульев Рейфов начинает свой перелёт в Млечный Путь — к Земле.
Сезон 3 Премьера третьего сезона в США состоялась 14 июля 2006 года. Команде Атлантиды удалось перехватить флотилию рейфов, не дав им достигнуть Млечного Пути. Потерпев очередную неудачу с ретровирусом, команда встречает третий год в галактике Пегас, всё ещё находясь под опасностью нападения рейфов. Также в новом сезоне они находят нового противника — расу асуран. Кроме того, в результате неудачного эксперимента они полностью разряжают свой МНТ и город снова остаётся без связи с Землей, защитного поля и снарядов-дронов. Очень скоро в космосе они находят летевший в Млечный Путь — к Земле — крейсер древних Трия, экипаж которого возращает себе Атлантиду. Командный центр Звёздных врат посылает в Атлантиду генерала О’Нилла и Ричарда Вулси с дипломатической миссией о восстановлении отношений между Землей и Древними и возврате экспедиции в город. Однако очень скоро О’Нилл и Вулси связываются с Землей и сообщают, что город захвачен асуранцами, а все Древние убиты асуранами. В конечном счете команде Атлантиды удается отбить город. В последнем эпизоде сезона Земля наносит упреждающий ядерный удар по родной планете асуран с целью предотвратить строительство их флота, с помощью которого те намеревались опять захватить Атлантиду и уничтожить Землю. В ответ асуране применяют против Атлантиды спутник с мощным лучевым оружием, но Земной экспедиции удается вывести город из-под удара за счет отремонтированных репликаторами двигателей. Сезон заканчивается, когда Атлантида с Земной экспедицией вываливается из гиперпространства на полпути к другой планете, в условиях, когда заряда городского МНТ хватит лишь на 24 часа работы щитов, а доктор Вейр находится при смерти.
Сезон 4 Члены экспедиции отчаянно пытаются сохранить остатки энергии в разряженном МНТ Атлантиды и вернуть город в гиперпространство. Тем временем, их разыскивает полковник Саманта Картер на крейсере Аполлон. В то же время, Родни Маккей решает активировать в теле Элизабет Вейр (которая находится на грани смерти) асуранских нанороботов, чем спасает ей жизнь. Затем он составляет дерзкий план по краже асуранского МНТ, главным козырем в котором была Вейр. В результате операции экспедиция сумела добыть новый МНТ, однако Вейр попала в плен к асуранам. Картер становится новым командующим экспедицией, хотя многие ещё надеются спасти Вейр.
Сезон 5 Премьера пятого, заключительного сезона в США состоялась 11 июля 2008 года на Sci Fi Channel. В этом сезоне на посту главы Атлантиды Саманту Картер сменил Ричард Вулси, Атлантийцы встречаются с другими формами жизни и продолжают борьбу с рейфами. В конце концов Атлантида перегнана на Землю.